Illustration: Emil Krog Nielsen, DTU Campus Service

Ny supercomputer på Risø Campus blandt de 100 største i verden

onsdag 24 sep 14

Kontakt

Peter Løngreen
Leder af High-Performance Computing & IT
DTU Bioinformatik
29 44 14 99
Både den industrielle bioteknologi og lægemiddelforskningen vil få glæde af en ny supercomputer, der placeres i et kommende high-performance computing-center på Risø Campus.

En supercomputer, der i efteråret 2014 bliver opstillet på Risø Campus, bliver blandt de 100 største i verden. Den skal indgå i den europæiske forskningsinfrastruktur ELIXIR og hjælpe forskerne med at lagre og analysere de hastigt voksende mængder af biologiske data.

Hvert halve år fordobles mængden af elektroniske data om levende organismers biologi. Man beskriver organismernes mindste bestanddele - celler, gener og proteiner - i alt fra bakterier og gærsvampe til mennesker. Man registrerer organismernes levevis i laboratorier og samler hospitalernes patientjournaler, der også inkluderer viden om livsstil.

Med alle disse data om millioner af arter samlet i potente supercomputere kan man blive meget klogere, for eksempel på hvordan sygdomme hænger sammen og er koblet til bestemte gener, eller hvordan man skal ændre bakterier, så de bliver til den perfekte bioteknologiske cellefabrik.

De enorme datamængder er i udgangspunktet meget uensartede, og - når det drejer sig om mennesker eller kommercielle formål - samtidig meget sensitive, så computeren skal være optimeret netop til denne mangfoldighed, og man skal helst ikke flytte sine data for meget ud og ind af den. Derfor opbygger man i øjeblikket store såkaldte high-performance computing (HPC)-centre og kobler dem sammen i netværk som det europæiske ELIXIR, Danmark blev medlem af i foråret 2014. På den måde kan man gøre brug af hinandens data samt analysere sig frem til nye, større sammenhænge.

"I første omgang vil vi fokusere på alle områder inden for bioinformatikken, både den industrielle bioteknologi og lægemiddelforskningen."
Peter Løngreen, chefkonsulent, DTU Systembiologi

Professor ved DTU Systembiologi Søren Brunak har været bestyrelsesformand i ELIXIR’s startfase, og han står også bag anskaffelsen af det HPC-center, der nu bliver installeret på Risø Campus.

Potent og miljøvenlig

Den nye supercomputer kan rumme 7,5 petabyte data og er optimeret til de hastigt voksende datamængder. En petabyte er 1015 byte, og alle amerikanske forskningsbibliotekers data fylder tilsammen 2 petabyte; det siger lidt om størrelsen.

I løbet af sommeren er der blevet ryddet en plads i det nordligste hjørne af Risø Campus bag den tidligere DMU-bygning. Her var det muligt at finde 3.500 m2 til ny infrastruktur som denne supercomputer til life science, der vil fylde 800 m2 og bruge en megawatt strøm.

Computeren ankommer i starten af oktober 2014 i to præfabrikerede containere udstyret med det hotteste inden for chip-køling.

”CPU’erne bliver kølet med vand, der skylles direkte ind på dem og derefter via varmepumper sendes videre ind i fjernvarmesystemet, så varmen kan udnyttes. Allerede med disse første servermoduler vil Risø Campus være næsten 100 procent opvarmet med overskudsvarme fire måneder om året, og det bliver jo kun bedre i takt med, at sitet udbygges,” fortæller chefkonsulent Peter Løngreen fra DTU Systembiologi, der koordinerer de danske bioinformatikgruppers arbejde på tværs af alle danske universiteter.

National facilitet

HPC-serveren bliver selvfølgelig et uvurderligt værktøj for alle på DTU, som beskæftiger sig med life science-data, men også andre DTU-forskningsgrupper vil få mulighed for at booke regnetid på supercomputeren. Derudover er alle store life science-forskningsgrupper i Danmark blandt brugerne ligesom en række af DTU Systembiologis udenlandske samarbejdspartnere, blandt andet Beijing Genomics Institute.

”Vi regner med at komme op på omkring 500 brugere, når supercomputeren i løbet af efteråret bliver køreklar. I første omgang vil vi fokusere på alle områder inden for bioinformatikken, både den industrielle bioteknologi og lægemiddelforskningen, herunder personaliseret medicin, der anvender molekylær analyse af personer og deres sygdomme til at bestemme, hvilken behandlingsmetode, der vil virke bedst til hver enkelt gruppe. Det er et område med enorme potentialer, hvor high-performance computing spiller en helt essentiel rolle. Her vil der også være et væsentligt samspil med industrien, hvilket vi selvfølgelig lægger stor vægt på,” siger Peter Løngreen.

Relaterede Videoer  

Vis flere

Nyheder og filtrering

Få besked om fremtidige nyheder, der matcher din filtrering.