Banebrydende computerprogram diagnosticerer kræft på to dage

fredag 02 okt 15
|

Kontakt

Aron Charles Eklund
Lektor
DTU Bioinformatik
45 25 61 44

Kontakt

Andrea Marion Marquard
Ph.d.-studerende
DTU Bioinformatik

TumorTracer

Er en diagnostisk metode til at bestemme, hvor en cancer er opstået i kroppen. Metoden kombinerer genetik og computervidenskab og kan analysere en biopsi fra en metastase, og herudfra give en prioriteret række forslag til, hvor kræften kan være opstået samt angive sandsynligheden for at den har ret.
 
Det tager på nuværende tidspunkt to dage, men forventes at blive endnu hurtigere i takt med at sekventering tager stadigt kortere tid.

I langt de fleste kræfttilfælde kan lægen hurtigt indkredse kilden til sygdommen, f.eks. kræft i leveren, i lungerne eller lignende. Men i ca. hvert tyvende tilfælde kan lægen konstatere at patienten har kræft, - men kan ikke finde kilden. For disse patienter venter et langt forløb med diagnosticering og stedbestemmelse af kræftens udspring inden de overhovedet kommer i behandling.


Nu har forskere på DTU Systembiologi kombineret genetik med computervidenskab og skabt en ny diagnostisk teknologi baseret på avancerede selv-lærende computeralgoritmer, som ud fra en biopsi fra en metastase med 85 % sikkerhed kan identificere sygdomskilden og hermed målrette behandlingen og i sidste ende forbedre fremtidsudsigterne for patienten.

Hvert år rammes ca. 35.000 mennesker af kræft i Danmark og for mange af dem venter et langt forløb med at diagnosticere og stedbestemme kræftens udspringspunkt. Men selv efter meget omfattende undersøgelser, vil der være 2-3 % tilbage hvor man ikke kan finde oprindelsen til kræftsygdommen. Så vil man behandle patienten med en cocktail af kemoterapi i stedet for en mere hensigtsmæssig målrettet behandling, som måske kunne være mere effektiv og skånsom for patienten. 

Hurtige og præcise resultater
Den nyudviklede metode, som forskerne har valgt at kalde for TumorTracer er baseret på analyser af DNA mutationer i kræft-vævsprøver fra patienter med metastaseret cancer, altså kræft, som har bredt sig. Mønsteret af mutationer analyseres i et computerprogram, som er blevet trænet til at finde mulige primære tumorlokaliseringer.

"Vi er meget glade for, at vi nu kan udnytte den samme sekventeringsdata sammen med vores nye algoritmer til at give en langt hurtigere diagnose for kræfttilfælde, der er vanskelige at diagnosticere, og til at give en brugbar diagnose i sager, der i øjeblikket er umulige at diagnosticere. "
Lektor Aron Eklund, DTU Systembiologi

Metoden har været afprøvet på mange tusind prøver, hvor man i forvejen kender den primære tumor, og den har vist sig at være overordentlig præcis. Næste skridt vil være at afprøve metoden på patienter med ukendt primær tumor.

I de seneste år har forskere opdaget flere måder, hvorpå man kan bruge genomsekvensering af tumorer til at forudsige om en individuel kræftpatient vil drage fordel af en bestemt type medicin. Det er en meget effektiv metode, og det bliver stadig mere almindeligt at udføre en sådan sekventering for kræftpatienter. Lektor Aron Eklund fra DTU Systembiologi forklarer,

"Vi er meget glade for, at vi nu kan udnytte den samme sekventeringsdata sammen med vores nye algoritmer til at give en langt hurtigere diagnose for kræfttilfælde, der er vanskelige at diagnosticere,og til at give en brugbar diagnose i sager, der i øjeblikket er umulige at diagnosticere.

Det tager på nuværende tidspunkt forskerne to dage at få et resultat fra en biopsi, og den tid forventer de vil blive kortere i takt med at sekvensering kan gøres stadigt hurtigere. Selve metoden vil let kunne integreres i de metoder lægerne allerede bruger."

Forskerne forventer, at metoden på sigt vil kunne bruges til at identificere oprindelsen af frie kræftceller fra en blodprøve, og den vil derfor også kunne bruges til effektivt og let at overvåge mennesker, som er i risiko for at udvikle cancer.

Læs den videnskabelige artikel TumorTracer: A Method to identify the tissue of origin from the somatic mutations of a tumor specimen i BMC Medical Genomics.

 

Kontakt

Relaterede Videoer  

Vis flere

Nyheder og filtrering

Få besked om fremtidige nyheder, der matcher din filtrering.