Forskningsprofil. Min primære forskning er fokuseret omkring udviklingen af nye algoritmer for mønstergenkendelse til brug for beskrivelse af centrale egenskaber af immune hos mennesker og dyr samt forskellige aspekter af protein struktur. Min forskning indenfor udviklingen af nye algoritmer har som det primære formål at konstruere metoder der kan forbedre vores muligheder for at lave rationelt vaccine design mod humane og dyre infektioner så som HIV, Tuberculosis, Malaria, og mund og klovsyge. De algoritmer jeg har udviklet indeholder Gibbs sampler, kunstige neurale netværk, positions specifikke scorings matricer, sekvens clustering, hidden Markov models samt sekvens-profil baserede alignment metoder. Som en central del af min seneste forskning har jeg startet den store indsats fra vores forskningsgruppe indenfor karakteriseringen af diversiteten af immunsystemet hos mennesker og andre primater samt den genomiske variation af pathogen infektioner. Denne forskning har givet os nye centrale værktøjer, der gør os i stand til i en langt højere grad end hidtil at forstå hvorfor forskellige mennesker (og dyr) reagerer forskelligt på forskellige patogene infektioner.   Min stærke interesse for beskrivelsen og udviklingen af algoritmer med bruge indenfor bioinformatik har ført til, at jeg har udviklet et kursus med speciale indenfor netop dette emne. Kurset, Algoritmer i bioinformatik (27623) løber hvert efterår startende 2008.