ModelCenter er organiseret under Danmarks TransportForskning i et samarbejde med CTT, så der i forbindelse med projekter er mulighed for at trække på forskere både på DTF og på CTT.
De overordnede retningslinier for ModelCenter udstikkes af en Styregruppe bestående af repræsentanter fra Transport- og Energiministeriet, Vejdirektoratet, Trafikstyrelsen, Movia, Ørestadsselskabet, DSB, Københavns Kommune samt Sund og Bælt. Styregruppen har indflydelse på den overordnede prioritering af projekter i ModelCenter ligesom medlemmerne af Styregruppen hver især er væsentlige opdragsgivere for ModelCenter.
I forbindelse med ModelCenter oprettes netværk og arbejdsgrupper for henholdsvis data og modeller. Netværkene er åbne for alle med interesse for trafikdata og -modeller. Medlemmerne af netværkene kan være placeret på universiteter, hos konsulenter, i amter eller kommuner eller et helt femte sted. Tilmelding til netværkene kan ske ved at sende en mail til . Medlemmerne af netværkene får mulighed for at dele spørgsmål og erfaringer, ligesom ModelCenter dels selv vil arrangere seminarer dels orientere om andre arrangementer, der kommer til vores kendskab.
Arbejdsgrupperne vil omfatte personer, der i kraft af deres arbejde har interesser i et særligt spørgsmål vedr. enten data eller modeller. Eksempelvis har der i det forgangne år været nedsat en arbejdsgruppe vedr. trafiktællinger i Hovedstadsområdet. Som hovedprincip inviterer ModelCenter til disse arbejdsgrupper, men det vil selvfølgelig være muligt at følge de aktuelle opgaver under arbejdsgrupper her på hjemmesiden. Ligeledes vil det være muligt at komme med forslag til nye arbejdsgrupper.