Supercomputer på DTU skal jagte nye gener

tirsdag 14 jun 11

En ny supercomputer med Nordeuropas største ’delte hukommelse’ findes nu på Danmarks Tekniske Universitet. Supercomputeren kan hurtigt og effektivt bearbejde de enorme mængder genetiske data, som er nøglen til fremskridt inden for grøn bioteknologi, hvor DNA fra titusindvis af mikroorganismer skal bruges til at skabe nye cellefabrikker.  

Med 4000 gange så meget hukommelse som en almindelig PC gør den nye supercomputer DTU-forskerne i stand til langt hurtigere at identificere nye gener og proteiner, der kan anvendes i fremtidens bæredygtige bioteknologiske industrielle produktion. Computeren, som er en Altix UV 1000 model leveret af SGI, har fået navnet Anakyklosis, som er det græske ord for genanvendelse. Navnet afspejler dens betydning for en biologisk bæredygtig fremtid.

 

”Systembiologisk forskning indebærer, at man kombinerer og integrerer ekstremt store datasæt af f.eks. genetisk information. Den nye supercomputer har en kæmpe såkaldt ’delt hukommelse’, som gør os i stand til at håndtere disse data hurtigere og mere fleksibelt. Computerens kapacitet vil i den grad udvide vores muligheder for at besvare de grundlæggende biologiske spørgsmål, vi står overfor, som f.eks. hvordan man får en celle til at producere noget, den ikke oprindeligt er skabt til,” forklarer Søren Brunak, som er leder af Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU Systembiologi, hvor Anakyklosis allerede er flyttet ind til de andre supercomputere, den skal forbindes med.

 

Behovet for større og hurtigere computere er blevet meget presserende som følge af udviklingen af forskningsområdet metagenomics. Her kortlægger man den samlede arvemasse i hele bakterielle samfund, som f.eks. i dybhavet, i spildevand eller i vores eget tarmsystem. Derfor genereres der datamængder, som er flere tusinde gange større end hele det humane genom,” fortæller seniorforsker Nikolaj Blom fra det nye Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability på DTU, som har finansieret computeren. Metagenomics systems biology bliver et af centerets seks hovedforskningsområder, og supercomputeren vil indgå i centerets jagt på nye enzymer til biotekindustrien og til konstruktion af biologiske cellefabrikker. Målet for centerets forskning er at producere fremtidens kemikalier i levende celler ud fra billigt og bæredygtigt råmateriale og derved reducere verdens afhængighed af olie.

 

”Det er netop hukommelsen i vores computere, som i øjeblikket udgør begrænsningen for, hvor meget data vi kan bearbejde ad gangen, og dermed hvor hurtigt vi gør fremskridt med vores analyser”, fortæller Thomas Sicheritz-Pontén, som vil lede forskningen i metagenomics i Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability. ”Anakyklosis kan have, hvad der svarer til 2500 humane genomer i sin arbejdshukommelse på én gang, så det åbner helt nye muligheder for den systembiologiske forskning”.

 

anakyklosis_web.jpg 

Foto: Iben Julie Schmidt

 

For yderligere oplysninger kontakt:

Søren Brunak, professor, Center for Biologisk Sekvensanalyse, DTU Systembiologi, brunak@cbs.dtu.dk, tlf.: 45 25 24 77

Nikolaj Blom, seniorforsker, Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, blom@cbs.dtu.dk, DTU, Tlf.: 45 25 24 85

Iben Julie Schmidt, Kommunikation, DTU Systembiologi, ijs@bio.dtu.dk, 45 25 61 68