Simon Rasmussen

Simon Rasmussen

Lektor

DTU BIOINFORMATIK
Institut for Bio- og Sundhedsinformatik

Metagenomics
DTU Bioinformatics Employees

Danmarks Tekniske Universitet

Kemitorvet

Bygning 208, rum 003

2800 Kgs. Lyngby

Tlf.
Tlf.
Fax 45 93 15 85
E-mail simon@cbs.dtu.dk
ORCID 0000-0001-6323-9041
Hjemmeside

Få tilsendt vCard på e-mail.

Profil
Publikationer
Projekter
Kurser
DTU nyheder
Loading

Profil

Den drivende kraft i min forskning er nysgerrighed og interesse i at omdanne ofte store og komplekse datamængder fra biologiske eksperimenter i viden og biologisk forståelse. Jeg har været involveret i analysen af ​​Next Generation Sequencing data fra forskellige områder såsom det gamle DNA, metagenomics, kommensale og bakterielle patogener og human genetik i mere end seks år.

Jeg har altid været meget interesseret i bakteriel evolution og genetik, eksemplificeret ved mit arbejde på udvikling vaccine mod Mycobacterium tuberculosis, transkriptom analyser af Bacillus subtilis, bygge den beregningsmæssige og analytisk infrastruktur for Center for Genetic Epidemiology (CGE), storstilet metagenomisk analyse af menneskets tarmsystem microbiome og for nylig mit arbejde på Yersinia pestis. I denne undersøgelse, vi rekonstrueret de gamle genomer af Y. pestis fra bronzealderen giver hidtil usete indsigt i pest evolution. Papiret blev offentliggjort som forsidehistorie i Cell, blev rapporteret i Nature og Science nyheder og i mere end 300 artikler i verdenspressen inden for 12 timer. De webservere jeg var en del af opbygningen for CGE-projektet har haft mere end 7.000 brugere og 200.000 indlæg (januar, 2016). Endelig er jeg involveret i store sekventering projekter som danske Pangenome, hvor jeg var den tilsvarende forfatter på den første blev offentliggjort fra konsortiet. Baseret på dette arbejde, er jeg nu DTU repræsentant for "Referencegruppe for Personlig Medicin Initiativ i Danmark".

Jeg er i øjeblikket at opbygge en forskergruppe at studere udviklingen af ​​humane patogener, hvor jeg i øjeblikket har en ph.d.-studerende studerer udviklingen af ​​Mitis gruppe streptokokker, en gruppe af orale kommensale bakterier, der kan forårsage dødelige hjerte infektioner.