Coronavirus stamtræ

DTU udvikler global platform til deling af coronavirusdata

onsdag 06 maj 20

Kontakt

Frank Møller Aarestrup
Professor, afdelingschef
DTU Fødevareinstituttet
35 88 62 81

Billedtekst

SARS-CoV-2 stamtræ.

Forskere bruger sekvensanalyser til at skabe stamtræer, som kan være med til at vise, hvordan virussen har udviklet sig og om den muterer.

Et forskerteam på DTU arbejder sammen med europæiske partnere for hurtigt at oprette en platform, hvor forskere fra hele verden kan dele og hente rådata om den nye coronavirus’ genetiske materiale til brug i f.eks. vaccineudvikling eller til sygdomsdiagnose.

Forskere har i flere år benyttet databanker til at dele kæmpe mængder rådata med kollegaer verden over. Den enorme volumen af data på nogle platforme kan dog spænde ben for at bruge dem effektivt på grund af den tid, det tager at downloade relevante data. I et forskningsprojekt på DTU Fødevareinstituttet har det f.eks. taget forskerne et halvt år at downloade data fra en sådan databank.

Lige siden opdagelsen af den nye coronavirus SARS-CoV-2 har forskere i hele verden gransket virussen for at afdække dens genetiske materiale. Sådanne data kan bruges f.eks. i forbindelse med at diagnosticere, at folk er syge med COVID-19 eller til at udvikle en vaccine eller behandling. Indtil nu har der ikke eksisteret en platform, hvor forskerne kan dele data specifikt om coronavirus.

COVID-19 er den sygdom, som SARS-CoV-2 er årsag til.

Pandemien har sat fut i nyt projekt

Derfor arbejder DTU Fødevareinstituttet netop nu på højtryk sammen med flere europæiske partnere for at etablere en global databank udelukkende med rådata om SARS-CoV-2’s genetiske materiale. Forskerne trækker på den ekspertise, de har opbygget i det nyligt overståede EU-finansierede COMPARE-projekt, hvor de har opbygget præcis sådan en databank for resistensgener.

Holdet på DTU skal især bidrage med løbende at lave sekventeringsanalyser af de rådata, videnskabsfolk verden over bidrager med, når de bliver lagt ind i databanken. Sekvensanalyserne kan forskerne bruge til at konstruere virussens stamtræ – såkaldte fylogenetiske træer – som kan være med til at vise, hvordan virussen har udviklet sig, og om den muterer.

Ved at hjælpe så mange af klodens videnskabsfolk som muligt til at arbejde ud fra det samme datasæt, kan holdet bag databanken hjælpe til at skabe et overblik over, hvorledes SARS-CoV-2 spreder sig, og hvilke varianter af virusset, der cirkulerer i de forskellige lande.

Data kan også bruges til at vise, om bestemte varianter er associeret til forskellige sygdomsbilleder rundt om i verden, samt til bedre at kunne diagnosticere sygdom og udvikle en vaccine.

Arbejdet med at udvikle disse virus-relaterede databanker var allerede planlagt som en del af et nyt femårigt EU-finansieret Horizon 2020 projekt, VEO, som professor Frank Møller Aarestrup fra DTU Fødevareinstituttet er med-koordinator for. På foranledning af EU er arbejdet dog fremskyndet for at sikre, at COVID-19 databanken kan tages i brug så hurtigt som muligt.

Læs mere

DTU Fødevareinstituttets Forskningsgruppe for Genetisk Epidemiologi har i flere år arbejdet med kollegaer verden over for at udvikle et system, der gør det muligt at udveksle og fortolke oplysninger i ’real time’. På den måde er det muligt at bruge de globale overvågningsdata til f.eks. at tackle sygdomme, når de truer med at sprede sig fra ét land og udvikle sig til pandemier.

Læs mere om genomsekventering og DTU Fødevareinstituttets forskning på området, som er med til at sætte den internationale standard for påvisning, overvågning og studier af den globale spredning af sygdomsfremkaldende mikroorganismer og antibiotikaresistente bakterier: Helgenomsekventering.

Relaterede Videoer  

video thumbnail image

video thumbnail image

video thumbnail image

video thumbnail image

Vis flere