Diagnosticering af brystkræft med brug af quantitative PCR (qPCR)

I denne SRP øvelse arbejder vi med en case hvor skal vi undersøge om en række patienter har kræft og hvor god effekt en behandling med miRNA har. Du vil blive undervist i PCR og hvordan man bruger qPCR til at kvantificere genudtryk. Du vil lære om kræftceller og hvordan miRNA regulerer udtrykket af gener. Du kommer ind i laboratoriet og opstiller PCR reaktionerne til genotyping og til qPCR.

Hvad går øvelsen ud på?

I denne øvelse arbejdes med en case hvor der simuleres et kræftforløb hos en gruppe af patienter.

Effekten af en mulig behandling vurderes ved brug af quantitative PCR (qPCR). qPCR er en særlig form for PCR hvor man kan kvantificere udtrykket af et gen, ved at bruge fluurescerende farve til at måle mængden af DNA der produceres under PCR reaktionen.

På denne måde kan man bestemme hvor meget DNA, der er tilstede i en given prøve hvor DNA koncentrationen ikke var kendt i forvejen.

I øvelsen benytter vi denne metode til at vurdere om genet for miRNA-206 er nedreguleret eller fuldt funktionelt hos patienterne.

Tilmeldingen til SRP-øvelser 2023 er lukket

Hvordan foregår øvelsen?

På øvelsesdagen får du en introduktion til øvelsen samt et foredrag, der omhandler teorien bag øvelsen.

I laboratoriet skal du lave en genotyping af patienternes gener. Her kommer du til at opstille en PCR reaktion som efterfølgende analyseres med gelelektroferese.

Du kommer til at forberede prøverne til quantitative PCR, og så kommer du til at bruge det bioinformatiske værktøj BLAST til at analysere DNA sekvenser. Der er sat tid af til at lave databehandling på dagen, men det kan være at det skal gøres færdigt hjemme.

Hvilke faciliteter kommer du til at bruge?

Du kommer til at arbejde i Eduforce Laboratoriet. Her har du mulighed for at lære hvordan man opstiller PCR reaktioner for forskellige typer af PCR maskiner.

Du kommer til at lave gelelektroferese til at analysere deres produkter fra PCR reaktionen.

Du får undervisning i hvordan man bruger det bioinformatiske værktøj BLAST til at sammenligne DNA sekvenser.

Du får en rundvisning på DTU hvor du kommer til at se kantinen, biblioteket, S-huset samt en forelæsningssal og et grupperum.

 

Du kan for eksempel fokusere på sammenhængen mellem regulering af gener og dannelsen af kræftceller.

Du kan for eksempel fokusere på, hvordan qPCR anvendes inden for den moderne lægevidenskab til blandt andet diagnosticering af brystkræft.

  • Velkommen
  • Introduktion til øvelsen: Teori om kræft, PCR og qPCR
  • I laboratoriet og lave eksperimenter: Genotyping og qPCR.
  • Fælles frokost
  • Rundvisning på DTU samt oplæg om at studere Life Science på DTU.
  • Databehandling
  • Opsamling og diskussion
  • Evaluering og afslutning

Du får en grundig teoretisk gennemgang af PCR (Polymerase Chain Reaction) og hvordan qPCR (quantitative PCR) bruges til at kvantificere genudtryk. Efter øvelsen vil du kunne beskrive de generelle karakteristika ved en kræftcelle og hvordan mikroRNA (miRNA) regulerer genrespons, samt hvordan disse molekyler kan designes til at bruges i behandling af patienter med kræft.

Du skal lave en genotyping af patienternes TP53 gener. Her opstilles en PCR-reaktion hvor PCR produkterne efterfølgende analyseres med en gelelktroferese.

Du modtager grafer samt værdierne fra PCR-cyklussen, som skal bruges til at beregne fold-differencen af gen-udtryk. Vi undersøger gen-udtrykket før og efter behandling af en patient med miRNA.

Graferne analyseres med henblik på at kunne konkludere hvorvidt eksperimentet er forløbet som forventet eller ej.

Du får også DNA sekvenser fra patienterne som analyseres med BLAST.

Du får øvelsesvejledning, PowerPoint-præsentationer brugt på dagen samt genereret data med hjem.

Forslag til litteratur, du kan bruge i din opgave og som baggrund for øvelsen:

Vi anbefaler at du anvender litteratur om kræft, miRNA samt qPCR.

Når du har tilmeldt dig, vil du få tilsendt elevvejledning samt mini-reviews/samling over artikler om brystkræft og qPCR.

  • Biologi
  • Bioteknologi
Kan kombineres med:
  • Samfundsfag
  • Celler
  • Genomet
  • Genregulering
  • Det centrale dogme
  • Mutation
  • Anvendt bioinformatik
  • PCR
  • Elektroferese
  • Genotyping
  • Molekylære markører,
  • Brystkræft og behandling af brystkræft

Tidspunkt og varighed

Øvelsen forløber over én dag. Øvelsen afholdes to gange:

  • Mandag den 6. februar
  • Mandag den 13. februar

Antal deltagere

8

Opfølgende møde

- hvor du kan du få hjælp til  din databehandling og stille spørgsmål:

  • Mandag den 27. februar kl.17-18

Sprog

Dansk

Arrangør og adresse

DTU Bioengineering
Lyngby Campus

Kontakt

Emma Kjærgaard Danø

Emma Kjærgaard Danø Eduforcekoordinator Institut for Bioteknologi og Biomedicin