EU-forskningsprojekt skal bidrage til udviklingen af ny gen-teknologi, som vil muliggøre fremstillingen af avancerede tests til at opdage sygdomsfremkaldende bakterier
Hvis man er blevet inficeret med en bakterie, er det ofte afgørende for overlevelseschancerne, at lægerne får bestemt hvilken bakterie, der er tale om. Flere bakterier udviser resistens mod penicillin, og samtidig bliver flere og flere mennesker syge af infektioner på hospitalerne.
Nu vil en gruppe forskere fra Biologisk Sekvensanalyse på DTU, med udgangspunkt i bakterien Bacillus subtilis’ DNA-sekvens, designe et microarray – en DNA-chip, som dækker hele bakteriens arvemateriale.
Chip’en, der skal udvikles på DTU, vil blive anvendt til forskellige typer forsøg, hvorfra en bred vifte af information vil udspringe, forklarer lektor Hanne Jarmer på Center for Biologisk Sekvensanalyse
”Først og fremmest vil chip’en blive designet, uden nogen form for forudindtagelse, det vil sige uden brug af anden information end selve DNA-sekvensen. Herved vil det være muligt at bestemme den fysiske placering og organisering af både kendte og endnu ukendte gener”, siger Hanne Jarmer”
En europæisk udfordring
Forskningen er et led i et stort EU-projekt, kaldet BaSysBio (Bacillus SystemBiologi), der har til formål at finde nye metoder til at bekæmpe uønskede bakterier.
BaSysBio-projektet vil benytte bakterien Bacillus subtilis, som modelorganisme til at opnå indsigt i den overordnede struktur af de netværk, som regulerer den bakterielle metabolisme. Ved at samle de bedste forskerhold i Europa med speciale i hver deres felt - fra molekylærbiologi til bioinformatik - vil teknologier designet til kvantitative målinger af biologiske processer i stor skala tilpasses og benyttes i projektet for at tilvejebringe data.
”Disse data vil kunne anvendes til fremstilling af avancerede matematiske modeller, som herefter vil kunne oversætte de enorme mængder information til noget, som ikke bare giver mening biologisk set, men som med god sandsynlighed vil være interessante og helt nye opdagelser”, siger Hanne Jarmer
Projektet vil føre til en bredere forståelse af patogenese, altså bestemmelse af de nøgle-processer, som gør bakterien "infektions-kampklar" og herved identificere egnede mål for nye lægemidler mod infektioner. Denne type lægemidler er medicin, som ikke direkte dræber bakterien, men som i stedet nedsætter dennes virulens, således at patientens eget immunforsvar får bedre mulighed for at bekæmpe infektionen.
Projektet involverer 15 europæiske forskerhold og et enkelt australsk, og har til formål at udvikle systembiologiske teknikker, som vil gøre det muligt at undersøge gen-regulering i global skala for modelorganismen