En ukendt bakterie fisket op af Det Indiske Ocean bliver omdrejningspunkt i nyt, stort institutforskningsprojekt, der vil involvere alle de studerende.
-af Iben Julie Schmidt
Når det næste hold studerende starter på bacheloruddannelsen i bioteknologi, vil de ikke blot møde deres undervisere og en masse nye studiekammerater. De vil også få en lidt speciel følgesvend, som de i løbet af deres studietid skal lære rigtig godt at kende. Det drejer sig om en bakterie. Hvis det står til lektor Lars Jelsbak på DTU Systembiologi, så bliver hele den kommende årgang af studerende en del af et stort institutforskningsprojekt, som går ud på at udforske og karakterisere bakterien Ruegeria mobilis.
Den røde tråd
Projektet handler først og fremmest om at involvere de studerende i et rigtigt forskningsprojekt allerede fra starten af studiet.
”Det skaber motivation og engagement at vide, at man bidrager til noget større, noget, der er vigtigt og ikke bare for sjov,” forklarer Lars Jelsbak.
Ideen er også, at arbejdet med bakterien kan være en slags rød tråd, der går igennem en del af de kurser, projekter og laboratorieøvelser, som de studerende har de første år. Lars Jelsbak er uddannet molekylærbiolog fra Syddansk Universitet, og han ville ønske, at sådan et projekt havde eksisteret, dengang han selv var studerende:
”Det er vigtigt, at man tidligt i sit studie kan se en sammenhæng i tingene. Jeg synes, at det var alt for sent i min uddannelse, at det gik op for mig, hvordan det hele kunne sættes sammen og bruges forskningsmæssigt. De studerende skal hurtigst muligt ind i laboratoriet og prøve kræfter med at lave noget forskning selv, så det ikke bliver et chok eller en kilde til frustration, når de pludselig skal til at arbejde problemorienteret med bachelorprojektet eller specialet.”
På detektivarbejde
Men kan så mange studerende virkelig bruge flere år på at lære en simpel organisme som en bakterie at kende? Svaret er ja, fordi der er tale om en indtil for nylig ukendt bakterie, som skal undersøges til bunds. Og det er et spændende systembiologisk projekt, der kræver kendskab til cellebiologi og indebærer en god blanding af bioinformatik og praktisk mikrobiologi i laboratoriet. De sidste ti års teknologiske udvikling har bl.a. betydet, at vi nu kan sende en organismes dna til et firma for derefter at få hele organismens gensekvens retur – endda til en overskuelig pris. Men selvom gensekvensen er et rigtig godt udgangspunkt, så er der stadig et kæmpe arbejde i at forstå og beskrive, hvordan organismen egentlig fungerer på molekylært niveau. Det vil eksempelvis sige, hvilke gener den har, og hvad deres funktioner er.
En gensekvens er en kode bestående af bogstaverne A,C,T og G, som står for nukleotidbaserne: adenin, cytosin, thymin og guanin. Disse såkaldte baser danner par, og dermed opstår det dobbeltstrengede dna. Når man kender gensekvensen, kan man lade en computer udregne, hvilke formodede gener organismen har. (Foto: DTU Systembiologi)
For at den genetiske kode skal give nogen form for biologisk mening, skal der laves et stort detektivarbejde i form af analyser og eksperimenter, som til sidst gerne skulle ende med at give et samlet billede af organismen Ruegeria mobilis. Det arbejde kan dog sagtens brydes ned i mange mindre delprojekter. Og det er her, de studerende kommer ind i billedet. Mens de lærer celleteori og genetik, er det meningen, at de skal have bakterien i baghovedet. På øvelseskurserne vil de, i stedet for fiktive øvelser med et færdigt facit, arbejde med at skaffe data om deres bakterie. Når de skal til at skrive projekter, kan de lede efter et bestemt gen eller undersøge en særlig egenskab ved bakterien.
Pilotprojekt
En gruppe på otte studerende har netop fuldført en slags pilotprojekt på Roseobacter-projektet. Ifølge Lars Jelsbak og Lone Gram, der har været vejledere, er det gået over al forventning. De studerende har ledt efter – og fundet – flere interessante gener, blandt andre et gen, der er involveret i signalering mellem bakterierne, og et gen, der har med produktionen af et bakteriehæmmende stof at gøre. Så det ser ud til, at projektet ikke bare er et innovativt undervisningsprojekt, men også har videnskabeligt potentiale. Der er dog et stykke vej endnu, før det ambitiøse mål om et institutforskningsprojekt i fuld skala er en realitet, men Lars Jelsbak tror på, at det kan lade sig gøre. Ikke mindst fordi man har gjort det i USA. På University of Richmond er det lykkedes at få studerende involveret i lignende projekter og at få publiceret resultaterne i blandt andet tidsskriftet Science med studerende som medforfattere.
Bakterien ind i pensum
Lars Jelsbak fremlagde for første gang projektet for instituttets ledelse i foråret. Ledelsen blev begejstret for ideen, og efter sommerferien blev det fremlagt for alle instituttets undervisere, der også tog godt imod det. Med et vellykket pilotprojekt i hus forestår nu et stort koordinerings- og udviklingsarbejde fra alle instituttets undervisere med at få lagt bakterien ind i pensum på mange forskellige niveauer. Det bliver også et projekt i sig selv at samle alle resultaterne til noget, der engang kan udgives i en videnskabelig artikel. Ikke desto mindre er det der, hvor det gerne skulle ende. For hele pointen er jo, at de studerende kan se, at det bliver til noget. Og at de får lov til at være med helt fremme og betræde ukendt land, for det er netop forskningens essens.